เอเปคดำเนินงานด้วยมติ ที่เป็นเอกฉันท์ (Consensus) ในหมู่สมาชิก กล่าวคือหากเขตเศรษฐกิจใด ไม่เห็นด้วยกับข้อเสนอ ให้ถือว่าข้อเสนอนั้นตกไป ดังนั้น ก่อนการประชุมสำคัญๆ จะมีการทาบทามให้เห็นชอบร่วมกันก่อนเสมอ
เอเปคได้จัดตั้งสำนักงานเลขาธิการเอเปค (เอเปค Secretariat) ขึ้น เมื่อปี พ.ศ. 2535 โดยตั้งอยู่ ณ ประเทศสิงคโปร์ เพื่อทำหน้าที่ประสานงานด้านโครงการ และงบประมาณกลางของเอเปค เจ้าหน้าที่บริหารของสำนักงานเลขาธิการเอเปค คือ Executive Director ดำรงตำแหน่งวาระละ 1 ปี โดยปกติ เขตเศรษฐกิจที่เป็นเจ้าภาพเอเปคในปีนั้น จะรับหน้าที่ Executive Director โดยมีเขตเศรษฐกิจที่จะเป็นเจ้าภาพเอเปคในปีถัดไป ทำหน้าที่เป็น Deputy Executive Director (สถานะของ Executive Director จะเป็นระดับเอกอัครราชทูต - Ambassador)
เอเปคแยกการปฏิบัติงานออกเป็นระดับต่างๆ คือ
(1) การประชุมผู้นำเอเปค (Informal Meetings of Economic Leaders) ซึ่งกำหนดให้มีขึ้นตามความเหมาะสม ได้มีการประชุมระดับผู้นำเอเปคไปแล้ว คือ
1. เบลก ไอแลนด์ (Blake Island), ซีแอตเติลสหรัฐอเมริกา วันที่ 20 พฤศจิกายน 1993
2. เมืองโบกอร์ อินโดนีเซีย วันที่15 พฤศจิกายน1994
3. เมืองโอซากา ญี่ปุ่น วันที่19 พฤศจิกายน 1995
4. เมืองซูบิค สาธารณรัฐฟิลิปปินส์ วันที่ 25 พฤศจิกายน 1996
5. เมืองแวนคูเวอร์ แคนาดา วันที่ 25 พฤศจิกายน 1997
6. เมืองกัวลาลัมเปอร์ มาเลเซีย วันที่ 18 พฤศจิกายน 1998
7. เมืองว็อคแลนด์ นิวซีแลนด์ วันที่ 12 กันยายน 1999
8. กรุงปันดาร์เสรีเบกาวาน บรูไน ดารุสซาลาม วันที่ 16 พฤศจิกายน 2000
9 เมืองเซี่ยงไฮ้ จีน วันที่ 20 ตุลาคม 2001
10 เมืองลอสกาโบส์ เม็กซิโก วันที่ 27 ตุลาคม 2002
11 กรุงเทพฯ ไทย วันที่ 20-21 ตุลาคม 2003
12 กรุงซานติอาโก ชิลี วันที่ 20-21 พฤศจิกายน 2004
13 เมืองปูซาน เกาหลี วันที่ 18-19 พฤศจิกายน 2005
14 กรุงฮานอย เวียดนาม วันที่ 18-19 พฤศจิกายน 2006
15 กรุงซิดนีย์ ออสเตรเลีย วันที่ 8-9 กันยายน 2007
16. กรุงลิมา เปรู วันที่ 22-23 พฤศจิกายน 2008
17. สิงค์โปร์ สิงค์โปร์ วันที่14-15 พฤศจิกายน 2009
18. เมืองโยโคฮาม่า ญี่ปุ่น วันที่13-14 พฤศจิกายน 2010
19 เกาะฮาวาย สหรัฐ วันที่10-14 พฤษจกกายน 2011
(2) การประชุมระดับรัฐมนตรี และเจ้าหน้าที่อาวุโสเอเปค (เอเปค Ministerial Meetings - AMM - and Senior Officials Meetings) ประเทศต่างๆ จะผลัดกันเป็นประธานเอเปค (เอเปค Chair) หมุนเวียนกันไปทุกปี โดยเป็นเจ้าภาพจัดการประชุมระดับรัฐมนตรีต่างประเทศ และรัฐมนตรีคลังขึ้นในประเทศของตน ทั้งนี้โดยมีข้อตกลงกันว่าจะจัดการประชุมแบบปีเว้นปีและต้องจัดในประเทศกลุ่มอาเซียน
(3) คณะกรรมการถาวร (Committees) ปัจจุบันมีทั้งหมด 4 ชุด คือ
.คณะกรรมการการค้าและการลงทุน (Committee on Trade and Investment - CTI)
. คณะกรรมการเศรษฐกิจ (Economic Committee - EC)
คณะกรรมการแกนนำของเจ้าหน้าที่อาวุโสเอเปคด้านความร่วมมือทางเศรษฐกิจและเทคโนโลยี (Steering Committee on Economic and Technical Cooperation SCE) และคณะกรรมการควบคุมบริหารงบประมาณ （Budget and Management Committee BMC）
สำนักเลขาธิการ
