ด้านขวาของวัดขงจื่อก็คือ พิพิธภัณฑ์กั๋วจื่อเจี้ยน ซึ่งเป็นสถาปัตยกรรมของสถาบันอุดมศึกษาระดับชาติในสมัยโบราณที่เหลือเพียงแห่งเดียวของจีน ตำหนัก "ปี้ยง" ที่ตั้งอยู่ในนี้เป็นพระราชวังแห่งเดียวในโลกที่สร้างขึ้นเพื่อเป็นสถานที่ให้จักรพรรดิเสด็จมาทรงบรรยาย เมื่อจักรพรรดิเสด็จมาทรงบรรยาย ทั้งภายในและภายนอกของตำหนักปี้ยง มีคนมาชุมนุมกันมากถึง 4-5,000 คน

ขณะที่สาธารณรัฐประชาชนจีนสถาปนาขึ้นเมื่อปี ค.ศ. 1949 รัฐบาลได้จัดให้กั๋วจื่อเจี้ยนเป็นหอสมุดแห่งชาติ ส่วนพิพิธภัณฑ์แห่งชาติก็ให้ตั้งอยู่ในวัดขงจื่อ เพื่ออนุรักษ์โบราณสถาน เทศบาลกรุงปักกิ่งตกลงย้ายหอสมุดและพิพิธภัณฑ์ไปจากที่นี่ และทำการซ่อมแซมเป็นเวลา 3 ปี เมื่อวันที่ 14 มิถุนายน 2008 ซึ่งเป็นวันมรดกวัฒนธรรมครั้งที่ 3 ของจีน วัดขงจื่อกับกั๋วจื่อเจี้ยนจึงได้เปิดให้เข้าชมอีกครั้ง

ปัจจุบัน วัดขงจื่อและพิพิธภัณฑ์กั๋วจื่อเจี้ยนจัดเป็นสถานที่ยอดนิยมของนักเรียนที่สอบเอ็นทรานซ์ ข้างในมีป้ายไม้สีแดงแขวนเรียงรายเป็นแถวยาวเต็มไปหมด ป้ายไม้เหล่านี้เป็นป้ายไม้ซึ่งนักเรียนที่กำลังจะสอบเข้ามหาวิทยาลัยมาเขียนขอพรให้ตนเองสมปรารถนาในการสอบ สามารถสอบเข้ามหาวิทยาลัยที่ใฝ่ฝันได้ กลายเป็นสถานที่สำคัญแห่งหนึ่งที่ดึงดูดนักท่องเที่ยวทั้งหลาย