ความร่วมมือทางศุลกากรระหว่างศุลกากรจีนและศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียนจำนวน ๑๐ ประเทศ มีมาอย่างต่อเนื่อง อาทิเช่น ในงาน China-ASEAN EXPO ครั้งที่ ๖ ณ นครหนานหนิง ในระหว่างวันที่ ๒๐-๒๑ ตุลาคม ปี ๒๐๐๙ ศุลกากรจีนได้เป็นเจ้าภาพจัดฟอรั่มว่าด้วย ความร่วมมือของศุลกากรจีน ศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียน และวงการการค้า ทั้งนี้ ผู้บริหารของศุลกากรไทยได้เข้าร่วมฟอรั่มนี้ด้วย ข้อคิดจากฟอรั่มดังกล่าวมีการนำไปเป็นแนวคิดสำหรับการกำหนดกรอบยุทธศาตร์การอำนวยความสะดวกให้กับการค้าระหว่างประเทศยิ่งขึ้น

นอกจากนั้นแล้ว ในการประชุม อธิบดีศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียน ครั้งที่ ๒๐ ระหว่างวันที่ ๖ - ๙ มิถุนายน ปี ๒๐๑๑ ณ กรุงเนบิดอร์ ประเทศเมียนม่า ศุลกากรจีนโดยรองอธิบดี หูยวี่หมิ่น (Hu Yumin) และอธิบดีศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียน ทั้ง ๑๐ ประเทศยังได้มีการลงนามใน MOU ความร่วมมือทางศุลกากรระหว่างศุลกากรจีนและศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียน โดย MOU ดังกล่าวมีวัตถุประสงค์หลัก ๕ ประการ คือ ๑. เพื่ออำนวยความสะดวกให้กับการค้าระหว่างประเทศภายใต้เขตการค้าเสรีอาเซียน – จีน ๒. กระชับความร่วมมือและจัดให้มีการหารืออย่างใกล้ชิดยิ่งขึ้นในประเด็นที่เกี่ยวข้องกับการค้าและการศุลกากรในอาเซียนและจีน ๓. ส่งเสริมให้มีการใช้มาตราฐานสากลและแนวปฏิบัติอันเป็นเลิศในงานศุลกากรเพื่อรองรับประชาคมเศรษรฐกิจอาเซียน ๔. ร่วมกันพัฒนาและเสริมสร้างสมรรถนะบุคลากรเพื่อให้สามารถปฏิบัติหน้าที่รองรับระบบศุลกากรอันทันสมัยยิ่งขึ้น ๕. ส่งเสริมให้มีการเข้าถึงข้อมูลอันเป็นปัจจุบันโดยง่าย โดยเฉพาะกฏระเบียบข้อบังคบทางศุลกากร เพื่อให้เกิดความโปร่งใสแน่นอนและคาดการณ์ได้เมื่อมีการผ่านพิธีการศุลกากร

ในฐานะที่ศุลกากรไทยก็เป็นสมาชิกของศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียน ศุลกากรไทยมีด่านศุลกากรอยู่ ๔๖ ด่านทั่วประเทศไทย และมีสำนักงาน ๒๐ สำนักงาน ทั้งนี้ สำนักงานศุลกากรหลักๆ ได้แก่ สำนักงานศุลกากรท่าเรือกรุงเทพ สำนักงานศุลกากรท่าเรือแหลมฉบัง สำนักงานศุลกากรตรวจสินค้าท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ

e- Customs เป็นระบบที่ศุลกากรไทยพัฒนาขึ้น เพื่อการดำเนินพิธีการศุลกากรสำหรับการนำของเข้าและส่งของออก โดยระบบ e- Customs จะช่วยให้ต้นทุนลดลง อีกทั้งจะทำให้เอกสารสำหรับการนำเข้าส่งออกที่เคยมีอยู่มากมีจำนวนลดลงด้วย

ภายใต้ระบบ e – Import ผู้ที่เกี่ยวข้อง อาทิเช่น ผู้นำเข้า ตัวแทนออกของ (customs broker) ผู้ขนส่ง ไม่จำเป็นที่จะต้องยื่นข้อมูลการนำเข้าที่เป็นกระดาษ อาทิเช่น ใบขนสินค้านำเข้า invoice ให้กับศุลกากร เพราะข้อมูลดังกล่าวซึ่งอยู่ในคอมพิวเตอร์ของผู้นำเข้า/ตัวแทนออกของจะถูกส่งเข้าสู่ระบบ e – Import ด้วยข้อมูลในระบบ e – Import ศุลกากรจะทำการตรวจสอบ คำนวณภาษีอากร และแจ้งยอดการชำระภาษีอากรผ่านทางระบบ e – Import ให้ผู้นำเข้าทราบได้อย่างรวดเร็ว หากผู้นำเข้าเลือกชำระภาษีอากรผ่านทางธนาคาร ซึ่งอยู่ในระบบ e - Customs ก็จะสามารถทำได้เลย หลังจากนั้น ณ จุดตรวจปล่อย เจ้าหน้าที่ศุลกากรจะได้ข้อมูลจากระบบ e – Import ว่า เป็นสินค้า green line ก็จะทำการปล่อยได้เลย หากตู้คอนเทนเนอร์สินค้าใดติดข้อกำหนดว่าต้องเปิดตรวจ ( risk profile ) ตู้คอนเทนเนอร์สินค้านั้น ก็จะต้องผ่าน red line เพื่อการเปิดตรวจต่อไป

ส่วนระบบ e - Export นั้น จะช่วยให้การตรวจยืนยันการอนุญาตส่งออกสินค้าที่ต้องขออนุญาตรวดเร็วขึ้น รวมไปถึงทำให้ทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทราบว่า มีการส่งออกจริง อาทิเช่น หากบริษัทผู้ส่งออกจะขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่ม หากไม่มีระบบ e – Export แล้ว หน่วยงานคืนภาษีมูลค่าเพิ่ม กับศุลกากรจะขอการยืนยันว่าจะมีการส่งออกจริงผ่านกระดาษ ซึ่งจะใช้เวลานานกว่า ส่วนการตรวจปล่อยสินค้าส่งออกภายใต้ระบบ e – Export จะรวดเร็วขึ้น โดยเฉพาะจุดตรวจสุดท้ายในท่าเรือก่อนนำตู้คอนแทนเนอร์สินค้าบรรทุกลงเรือ ระบบ e – Export จะแสดงข้อมูลว่า ตู้คอนเทนเนอร์สินค้าใดที่ผ่าน green line ซึ่งจะใช้เวลาไม่กี่นาที หากเป็นตู้คอนแทนเนอร์สินค้า red line ก็จะมีการเปิดตู้คอนแทนเนอร์เพื่อตรวจสอบต่อไป

ศุลกากรไทยในฐานะศุลกากรประเทศสมาชิกอาเซียนได้มีความร่วมมือกับศุลกากรจีนมากน้อยเพียงใด อีกทั้ง การจัดให้มี e – Customs จะทำให้การนำเข้ามายัง และหรือส่งออกจากไทยมีความสะดวกรวดเร็วเพียงใด