เมื่อทศวรรษที่ 1990 สงครามเย็นสิ้นสุดลง ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศในภูมิภาคเอเชีย-แปซิฟิกผ่อนคลายลง การพัฒนาเศรษฐกิจกลายเป็นกระแสหลักของโลก ภายใต้สถานการณ์เช่นนี้ ความสัมพันธ์ระหว่างจีนกับประเทศในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เข้าสู่ช่วงที่พัฒนาอย่างรวดเร็วมาก เมื่อปี 1990 จีนสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตกับสิงคโปร์ รื้อฟื้นความสัมพันธ์ทางการทูตกับอินโดนีเซีย เมื่อปี 1992 จีนกลายเป็นหุ้นส่วนคู่เจรจาของอาเซีย พร้อมทั้งดำเนินนโยบายเพิ่มความเชื่อถือ ลดความขังขา และร่วมมือทุกด้านกับประเทศรอบข้าง เพื่อรักษาความสัมพันธ์ที่มั่นคงกับประเทศรอบข้าง ช่วงเวลานั้น ข้อพิพาทหมู่เกาะหนานซาเป็นประเด็นที่มีการพูดคุยกันมากระหว่างจีนกับประเทศอาเซียน โดยจีนยืนกรานมีอธิปไตยเหนือหมู่หนานซาที่ไม่อาจโต้เถียงได้ แต่เนื่องจากพิจารณาถึงการรักษาความสัมพันธ์ระหว่างจีนกับประเทศในอาเซียน จีนจึงได้นำนโยบายในการแก้ไขข้อพิพาทเกาะเตี้ยวอี๋ว์มาใช้ในการแก้ไขข้อพิพาทหมู่เกาะหนานซา คือ ด้านหนึ่ง ยึดมั่นในจุดยืนที่ว่าจีนมีอธิปไตนเหนือหมู่เกาะหนานซา อีกด้านหนึ่งเสนอข้อเสนอ "สงวนข้อพิพาท และร่วมกันพัฒนา" เพื่อหลีกเลี่ยงไม่ให้ข้อพิพาทนี้รบกวนถึงสถานการณ์ความร่วมมือระหว่างจีนกับประเทศอาเซียน

เมื่อปี 1994 ความสัมพันธ์ระหว่างจีน-เวียดนามกลับเข้าสู่ภาวะปกติ ต่อมาในปี 1995 เวียดนาม พม่า ลาว กัมพูชาเข้าเป็นสมาชิกอาเซียนอย่างเป็นทางการ สมาชิกอาเซียนเพิ่มจาก 6 ประเทศเป็น 10 ประเทศ เมื่อปี 1996 จีนกลายเป็นประเทศหุ้นส่วนคู่เจรจาของอาเซียน ต่อมาเกิดวิกฤตการเงินในเอเชีย-แปซิฟิก จีนใช้ท่าทีที่มีความรับผิดชอบต่อวิกฤตครั้งนี้ จึงได้รับการชื่นชมอย่างมากจากประเทศอาเซียน และทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างจีน-อาเซียนมีความใกล้ชิดมากขึ้นภายในระยะเวลาอันสั้น เมื่อปี 1997 การประชุมผู้นำจีน-อาเซียนครั้งแรกจัดขึ้นที่กรุงกัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซีย ทั้งสองฝ่ายเห็นพ้องต้องกันว่า จะมุ่งสู่ศตวรรษ 21 ด้วยการร่วมสร้างความสัมพันธ์หุ้นส่วนฉันมิตรประเทศเพื่อนบ้านที่มีความเชื่อถือกัน

ช่วงเวลานี้ ความสัมพันธ์ระหว่างจีน-อาเซียนที่พัฒนาอย่างรวดเร็วได้กลบเกลื่อนความปั่นป่วนของสถานการณ์ทะเลจีนใต้ แต่ข้อพิพาทหมู่เกาะหนานซาระหว่างจีนกับบางประเทศในอาเซียนยังคงผุดขึ้นอย่างเด่นชัดในบางช่วงเวลา เช่น หลังเข้าสู่ทศวรรษที่ 1990 เวียดนามบุกรุกเกาะแก่งบริวารของหมู่เกาะหนานซา 5 แห่ง ทำให้เกาะแก่งที่ถูกเวียดนามยึดครองเพิ่มขึ้นถึง 29 แห่ง จนถึงเดือนมีนาคมปี 1994 เวียดนามเปิดประมูลสัมปทานขุดเจาะน้ำมันโดยมิชอบด้วยกฎหมายที่บริเวณน่านน้ำหนานซา และซีซารวมกว่า 120 โครงการ สำหรับประเทศมาเลเซียได้ยึดครองแก่งอี๋ว์ย่า และแก่งโป้จีเมื่อปี 1999 พร้อมทั้งเร่งขุดเจาะน้ำมัน และแย่งชิงทรัพยากรประมงบริเวณน่านน้ำหนานซา จำนวนบ่อขุดเจาะน้ำมันของมาเลเซียในน่านน้ำหนานซาคิดเป็นกว่าครึ่งหนึ่งของจำนวนบ่อขุดเจาะน้ำมันทั้งหมดของประเทศที่อ้างกรรมสิทธิ์ในหมู่เกาะหนานซา ช่วงทศวรรษที่ 1990 จำนวนครั้งที่ทหารและตำรวจมาเลเซียขับไล่และจับกุมชาวประมงจีนในน่านน้ำหมู่เกาะหนานซามากกว่าจำนวนครั้งผู้อ้างกรรมสิทธิ์อื่น