สวนพฤกษศาสตร์ปักกิ่งก่อตั้งขึ้นในปี 1956 ด้วยเงินสนับสนุนจากรัฐบาลจีน แต่ได้หยุดชะงักการพัฒนาเป็นเวลา 10 ปีในช่วงของการปฏิวัติวัฒนธรรม (ปี 1966-1976) แต่หลังจากปี 1990 เป็นต้นมาก็ได้มีการพัฒนาโครงการวิจัย ขยายพื้นที่และเพิ่มพันธ์พืชขึ้นมาเรื่อยๆ จนถึงปัจจุบัน