นายโอบามาจัดการเจรจาเเบบทวิภาคีกับนายซูซิโล บัมบัง ยุดโดโยโน ประธานาธิบดีอินโดนีเซียในบ่ายวันที่ 9 พฤศจิกายนนี้หลังไปถึงกรุงจาการ์ตา สองฝ่ายร่วมกันลงนามในสนธิสัญญาหุ้นส่วนเเบบทั่วด้าน นายซูซิโลกล่าวในการเเถลงข่าวหลังการเจรจาว่า การลงนามในสนธิสัญญาว่าด้วยความสัมพันธ์หุ้นส่วนเเบบทั่วด้านเพื่อส่งเสริมความร่วมมือในด้านเศรษฐกิจเเละอื่น ๆ ระหว่างสองประเทศ
วันที่ 10 พฤศจิกายน นายโอบามาได้เข้าชมมัสยิดอีสดิกลัล ซึ่งเป็นมัสยิดใหญ่ที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ หลังจากนั้น ได้เยือนมหาวิทยาลัยอินโดนีเซียซึ่งตั้งอยู่ในจังหวัดชวาตะวันตกเเละกล่าวสุนทรพจน์ด้วย เขาชื่นชมอินโดนีเซียซึ่งเป็นประเทศมุสลิม เป็นเเบบอย่างที่ดีของทั่วโลกในการทำให้ประชาชนต่างศาสนาเเละต่างเชื้อชาติได้อยู่ร่วมกันอย่างปรองดอง
