ระหว่างกระบวนการตัดสิน ฝ่ายเลขาธิการของศาลอนุญาโตตุลาการรับค่าใช้จ่ายทั้งหมด 2.85 ล้านยูโร (ประมาณ 3.13 ล้านดอลลาร์สหรัฐฯ) จากฝ่ายที่เกี่ยวข้องกับคดี แต่เนื่องจากจีนไม่ยอมรับและไม่เข้าร่วม ฟิลิปปินส์จึงต้องเป็นผู้ออกค่าใช้จ่ายทั้งหมด ซึ่งนอกจากค่าจ้างเลขาธิการของศาลอนุญาโตตุลาการ ค่าเช่าสถานที่และอุปกรณ์แล้ว ยังอาจจะใช้เป็นค่าตอบแทนให้กับผู้พิพากษา 5 คนด้วย แม้ว่าไม่สามารถสืบสวนเงินจำนวน 30 ล้านดอลลาร์ดังกล่าวนี้ แต่ก็สามารถคำนวณมูลค่าค่าใช้จ่ายจากข้อมูลที่เปิดเผย เช่น ต้องจ่ายค่าจ้างเลขาธิการและค่าใช้จ่ายในการขึ้นทะเบียนเป็นจำนวน 2,000 ยูโร เพราะค่าจ้างผู้ให้บริการมีราคาที่กำหนดไว้แล้วตามระดับตำแหน่ง ตัวเลขที่คำนวณออกมาดังกล่าวนี้ช่วยสรุปได้ว่า ผู้พิพากษาได้รับเงินทุนก้อนใหญ่จากทางฟิลิปปินส์เพื่อใช้ในคดีทะเลหนานไห่
ถ้าค่าใช้จ่ายในคดีทะเลหนานไห่ของฟิลิปปินส์เป็น 30 ล้านดอลลาร์ ย่อมไม่ใช่เป็นเพียงค่าจ้างทนายความ นอกจาก 2.85 ล้านยูโรที่ต้องจ่ายแล้ว ที่เหลืออาจจะใช้ไปกับทนายความและพยานผู้ยืนยัน เนื่องจากการตัดสินดำเนินตามข้อเรียกร้องของฟิลิปปินส์อย่างเต็มที่ และได้ผลไม่ยุติธรรมอย่างนี้ ซึ่งพบได้ยากมากในประวัติศาสตร์กระบวนการตุลาการและการตัดสินระหว่างประเทศ ประชาคมโลกต่างตั้งข้อกังขาสงสัยอย่างกว้างขวาง ตลอดจนมีการสงสัยว่า ผู้พิพากษาได้รับเงินตอบแทนมูลค่าสูงหรือเปล่า จึงได้ผลตัดสินไม่ยุติธรรมเยี่ยงนี้
Yim/Chu