ภูเขาไท่ซานยังเป็นแหล่งศาสนาสำคัญตั้งแต่โบราณกาล ผู้นับถือศาสนาพุทธและศาสนาเต๋าต่างมองเขาไท่ซานเป็นภูเขาศักดิสิทธิ์ โดยมีการสร้างวัดวาอารามจำนวนมากบนเขาไท่ซาน เมื่อกลางศตวรรษที่ 4 ศาสนาพุทธเผยแผ่มาถึงพื้นที่บริเวณภูเขาไท่ซาน เมื่อปีค.ศ. 351 พระอาวุโส "หล่างกง" สร้างวัดหล่างกง และวัดหลิง เหยีนบริเวณภูเขาไท่ซาน เมื่อสมัยราชวงศ์เว่ย ราชวงศ์จิ้น ราชวงศ์เหนือ-ใต้ วัดที่มีขนาดค่อนข้างใหญ่บนภูเขาไท่ซานมีหลายแห่งด้วยกัน เช่น วัดกู่ซานอี้ว์หวง วัดเสินเป่า และวัดปู่เจ้า

เมื่อสมัยราชวงศ์เหนือ-ใต้ ชาวก๊กฉีเหนือแกะสลัก วัชรปรัชญาปารมิตาสูตร (Diamond Sutra)บนแผ่นหินขนาดใหญ่บริเวณหุบเขาไท่ซาน ส่วนศาสนาลัทธิเต๋าเริ่มมีขึ้นตั้งแต่สมัยจั้นกว๋อ หลังสมัยราชวงศ์ฉิน และฮั่น มีวัดลัทธิเต๋าหลาย แห่งบนเขาไท่ซาน วัดลัทธิเต๋าที่มีเหลืออยู่จนถึงทุกวันนี้มีหลายแห่งด้วยกัน เช่น ศาลเจ้าหวางหมู่ฉือ ศาลเจ้าปี้เสีย และศาลเจ้าหยวนสื่อเทียนจุน ในนี้ ศาลเจ้าหวางหมู่ฉือมีประวัติศาสตร์ยาวนานที่สุด สร้างขึ้นก่อนปีค.ศ. 220 ส่วนศาลเจ้าที่มีชื่อเสียงโด่งดังที่สุดคือ ศาลเจ้าปี้เสีย (YIM/cai)