สิ่งก่อสร้างที่เห็นในทุกวันนี้ ส่วนใหญ่สร้างขึ้นเมื่อสมัยราชวงศ์หมิงและชิง กินพื้นที่ประมาณ 10 เฮกตาร์ หน้ากว้าง 145 เมตร ยาว 600 เมตร ล้อมรอบด้วยกำแพงสูงสีแดง และที่มุม 4 ด้านมีหอคอยที่สร้างเลียนแบบพระราชวังโบราณกู้กงในกรุงปักกิ่ง ถือเป็นกลุ่มสิ่งก่อสร้างโบราณที่ใหญ่ที่สุด 3 แห่งของจีน ร่วมกับพระราชวังโบราณกู้กงกรุงปักกิ่งและพระราชวังฤดูร้อนเมืองเฉิงเต๋อ
ด้านหน้าของข่งเมี่ยว มีซุ้ม "จินเซิงยวี่เจิ้น" สะพานหิน ประตูหลิงซิง ประตูเซิ่งสือ ประตูหงเต้าและประตูต้าจง ระหว่างประตูต่างๆ จะมีต้นสนต้นใหญ่ที่มีอายุหลายร้อยปีปลูกเรียงรายอยู่ และเมื่อผ่านประตูต้าเฉิงแล้ว จึงจะเข้าสู่ด้านในของศาลเจ้าขงจื่อ ซึ่งมีรูปสี่เหลี่ยม สิ่งก่อสร้างสำคัญที่จะเห็นเมื่อข้ามประตูถงเหวินคือ "ขุยเหวินเก๋อ" ซึ่งเป็นหอเก็บหนังสือ สูง 24.7 เมตร นอกจากนี้ยังมีป้ายหินรวม 13 ป้ายที่ตั้งขึ้นโดยจักรพรรดิของราชวงศ์ต่างๆ
ประตูหลิงซิง(棂星门) ถือเป็นประตูใหญ่ของศาลเจ้าขงจื่อ เชื่อกันว่า ดาวหลิงซิง เป็นดาวแห่งความรู้ การตั้งชื่อประตูเป็นหลิงซิง จึงหมายถึงขอให้ประเทศมีปัญญาชนคนเก่งมากมาย ดังนั้น ในสมัยโบราณ เมื่อจักรพรรดิเสด็จมาบวงสรวงสวรรค์นั้น จะต้องบวงสรวงดาวหลิงซิงก่อน ซึ่งการไหว้บูชาขงจื่อ จะมีระดับเดียวกันกับการบวงสรวงสวรรค์ จึงต้องเริ่มจากประตูหลิงซิงก่อน
ถัดเข้าไป จะเป็นตำหนักต้าเฉิง ซึ่งเป็นตำหนักที่สำคัญที่สุดของศาลเจ้าขงจื่อ เป็นที่ตั้งเครื่องสักการะบูชาขงจื่อ ตรงกลางเป็นรูปปั้นของขงจื่อ สองข้างเป็นรูปปั้นของลูกศิษย์สำคัญๆ ของขงจื่อ 72 คน เช่น เหยียนหุย เจิงเซิน และเมิ่งเคอ ตำหนักเป็นอาคารสูง 32 เมตร กว้าง 54 เมตร ลึก 34 เมตร ดูยิ่งใหญ่สง่างาม ข้างนอกตำหนักมีเสาค้ำหิน 28 เสา สูงประมาณ 6 เมตร ขนาดเส้นผ่านศูนย์กลาง 0.91 เมตร แกะสลักเป็นลายมังกรที่ดูประณีตเหมือนจริงมาก นับเป็นเสาหินลายมังกรที่งดงามพบได้ยากมากในจีน
หน้าตำหนักเป็นลานกว้าง เป็นที่จัดพิธีเซ่นไหว้บูชา และมี "เก๋งซิ่งถัน" เล่ากันว่าเป็นที่บรรยายหลักธรรมคำสอนของขงจื่อ มีบรรยากาศเงียบสงบ ซึ่งบริเวณนี้ปลูกต้นซิ่ง(แอพริคอต)จำนวนมาก ช่วงฤดูใบไม้ผลิจะออกดอกบานสะพรั่งสวยงาม ทำให้การเรียนการสอนมีชีวิตชีวามาก จึงตั้งชื่อว่า "ซิ่งถัน" ด้านหลังของตำหนักต้าเฉิงเป็นที่พัก ปัจจุบัน เป็นสถานที่เซ่นไหว้บูชาภริยาของขงจื่อ ด้านหลังของที่พักเป็นตำหนักศักดิ์สิทธิ์ สร้างขึ้นเมื่อ ค.ศ. 1592 ของราชวงศ์หมิง ภายในตำหนักจัดแสดงภาพแกะสลักหิน 120 ภาพที่เล่าเรื่องของการเสด็จไปก๊กต่างๆ ของขงจื่อ
ในศาลเจ้าขงจื่อ มีป้ายหินแกะสลักของทุกราชวงศ์ตั้งแต่สมัยราชวงศ์ฮั่นตะวันออกและฮั่นตะวันตกรวมกว่า 2,000 ป้าย ซึ่งแกะสลักตัวอักษรจีนในหลายรูปแบบ มีคุณค่าสูงในการศึกษาวิจัยวิวัฒนาการของตัวอักษรจีนและลายมือการเขียนอักษรจีน
