ซุน ยัตเซ็น เกิดเมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน ค.ศ. 1866 ที่หมู่บ้านชุ่ยเฮิง อำเภอเซียงซาน มณฑลกว่างตุง ท่านเกิดในครอบครัวชาวนายากจน เริ่มทำนาตั้งแต่อายุเพียง 6 ขวบ เข้าเรียนหนังสือเมื่ออายุ 10 ปี
ค.ศ. 1878 ซุน ยัตเซียนกับมารดาเดินทางไปอยู่กับพี่ชายที่เมืองฮอนโนลูลู และเีรียนหนังสือที่นั่น ทำให้ท่านได้เปิดหูเปิดตากับโลกภายนอกและเกิดการเปลี่ยนแปลงด้านความคิด เมื่อกลับมาจีน ท่านเห็นว่าความเชื่อโบราณหลายอย่างของจีนเป็นเรื่องล้าสมัยและงมงาย ถึงขั้นทำลายเทวรูปในหมู่บ้าน หลังจากนั้นท่านไปเรียนวิชาแพทย์ศาสตร์ที่เมืองกว่างโจวและฮ่องกง และสำเร็จการศึกษาจากวิทยาลัยแพทย์ฮ่องกงด้วยคะแนนเกียรตินิยมอันดับหนึ่ง ต่อมาทำงานเป็นแพทย์ระหว่างศึกษาที่ฮ่องกง ซุน ยัตเซียนกับเพื่อนๆ มักวิพากษ์วิจารณ์การเมือง โจมตีระบอบการปกครองของราชวงศ์ชิงและเผยแพร่ความคิดใหม่ที่จะปฏิรูปสังคมเก่า จึงถูกคนหัวโบราณในยุคนั้นเห็นว่าเป็นพวกทรยศสังคม
ต่อมาซุน ยัตเซ็นเป็นแพทย์ที่มาเก๊าและกวางโจว บางครั้งท่านก็รักษาคนไข้ฟรีด้วย แต่ท่านคิดว่าไม่ใช่เพียงร่างกายคนเท่านั้นที่ต้องการการรักษา ยังต้องรักษาความคิดและจิตใจของคนอีกด้วย ซึ่งประเทศจีนตอนนั้นก็เปรียบเสมือนคนป่วยคนหนึ่ง ดังนั้นท่านจึงพยายามที่จะรักษาประเทศของท่านเอง โดยเขียนจดหมายถึงรัฐบาลจีน เพื่อขอร้องให้เลียนแบบประเทศตะวันตกทำการปฏิรูป แต่รัฐบาลชิงไม่สนใจความคิดและความปรารถนาของท่าน
ปีเดียวกัน ท่านและสหายของท่านตั้งองค์การเพื่อการปฏิวัติแห่งแรกของชนชั้นนายทุนของจีนขึ้น มีชื่อว่า ซิงจงฮุ่ย เสนอแนวคิดโค่นล้มรัฐบาลราชวงศ์ชิงและสถาปนาสาธารณรัฐตั้งแต่นั้นมา ซุน ยัตเซ็นเริ่มทำการต่อสู้กับรัฐบาลชิง โดยหวังว่าประเทศจีนจะสามารถกลายเป็นประเทศที่เป็นอิสระ เสมอภาคและมั่นคง
ค.ศ. 1895 ซุน ยัตเซ็นก่อตั้งสำนักงานใหญ่ซิงจงฮุ่ยที่ฮ่องกง ต่อมาก็ได้ก่อตั้งสำนักสาขาที่เมืองกว่างโจวและเมืองโยโคฮามาของญี่ปุ่น ค.ศ. 1895 และค.ศ. 1900 ซุน ยัตเซ็นร่วมกับสหายที่ก่างโจวและฮุ่ยโจวทำการลุกขึ้นสู้
ต่อมาซุน ยัตเซ็นถูกราชวงศ์ชิงตามล่า ท่านจึงได้หลบหนีไปยังประเทศต่างๆ ก่อนจะถูกควบคุมตัวที่อังกฤษโดยพลการ ทำให้อังกฤษประท้วงการจับกุมตัวท่าน จนทำให้ท่านได้รับการปล่อยตัว หลังจากนั้นท่านเดินทางไปยังญี่ปุ่น
ดร.ซุน ยัตเซ็นพยายามทำการปฏิวัติหลายครั้ง แต่ก็ไม่สำเร็จ จนกระทั่งค.ศ. 1911 คณะปฏิวัติได้ทำการปฏิวัติที่เมืองอู่ชาง จนสามารถโค่นล้มราชวงศ์ชิงได้สำเร็จ ทำให้ ดร.ซุน ยัตเซ็น ขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นประธานาธิบดีคนแรกของสาธารณรัฐจีน
แต่ต่อมา ท่านก็ได้ลาออกจากตำแหน่ง และให้ หยวน ซื่อไข่ เป็นประธานาธิบดีแทน แต่หยวน ซื่อไข่กลับสถาปนาตนเองขึ้นเป็นกษัตริย์เสียเอง
ดร.ซุน ยัตเซ็น เสียชีวิตด้วยวัย 58 ปี เมื่อวันที่ 12 มีนาคม ค.ศ. 1925
