หลังการสถาปนามีโศกนาฏกรรมสำคัญที่เรียกว่า "เผาหนังสือ ฝังปัญญาชน" ด้วย เพราะจักรพรรดิเกรงว่ากลุ่มคนเหล่านี้ซึ่งมีความรู้ความสามารถมาก จะกลายเป็นขุมกำลังในการโค่นล้มการปกครองได้

แต่ด้วยความที่เป็นครั้งแรกที่ได้รวบรวมเมืองต่างๆ เข้าด้วยกันได้เป็นครั้งแรก จึงมีเรื่องการบริหารจัดการมากมาย มีการมีการตัดถนน ขุดคลอง ส่งเสริมการเกษตร ทั้งหมดก็เพื่อให้ชนชาติต่างๆ ใต้ปกครองยอมรับในอำนาจและชื่นชอบมากยิ้งขึ้น แต่ก็ยังมีศึกเล็กศึกน้อยบ้างประปราย โดยเฉพาะจากกองโจรเร่ร่อนทางตอนเหนือ ซึ่งมีมาตั้งแต่ก่อนผนวกทุกรัฐเข้าด้วยกัน คนเหล่านี้ถูกเรียกว่า "ชาวซงหนู" ซึ่งเชี่ยวชาญการรบบนหลังม้า เป็นชนชาติที่เร่ร่อนอยู่ตามท่าราบกว้างใหญ่ทางภาคเหนือ มักยอกทัพมาปล้นสะดมตามหัวเมืองของรัฐฉิน จ้าว และเอื้อย ยังความเสียหายทั้งชีวิตและทรัพย์สินอยู่มิได้หยุดหย่อน ผู้ครองเมืองทั้ง 3 แห่ง จึงได้สร้างกำแพงเมืองของตนเองขึ้นมาปกป้องตนเอง และเมื่อขึ้นครองราชย์แล้ว "ฉินซื่อหวงตี้" ต้องการให้บ้านเมืองสงบสุข จึงส่งแม่ทัพหม่ง เถียน ไปปราบปราม และทำการเชื่อต่อกำแพงของทั้ง 3 เมืองเข้าด้วยกัน อีกทั้งได้ขยายออกไปจากทิศตะวันตกที่เมืองหลินเถา (อำเภอหมินเสี้ยนในปัจจุบัน) จนมาถึงเมืองเหลียวตงทางทิศตะวันออก รวมระยะทางทั้งหมด 12,000 ลี้ หรือประมาณ 6,000 กิโลเมตร ซึ่งเป็นที่มาของชื่อกำแพงที่ว่า "หว่านหลี่ฉางเฉิง" นั่นเอง

นอกจากนี้คำว่า "ชาวจีน" ที่เราเรียกกันนั้น ก็มาจากคำว่า "ชาวฉิน" นี่เอง

หลังจากนั้นในยุคต่อๆ มา จักรพรรดิทุกราชวงศ์ต่างเห็นความสำคัญของกำแพงเมืองจีน ในการป้องกันการรุกรานจากชนเผ่าเร่ร่อน จึงมีการสร้างขึ้นต่อเนื่องเรื่อยๆ จนในปัจจุบันนับรวมแล้วมีความยาวกว่า 8851.8 กิโลเมตร โดยเฉพาะในช่วงราชวงศ์หมิงนั้นทั้งสร้างใหม่และปรับปรุงของเก่าที่มีอยู่แล้วให้มีสภาพที่ดี แต่พอมาถึงสมัยราชวงศ์ชิงซึ่งมีศึกจากข้างนอกประเทศมากมายและความปั่นป่วนภายในเอง ทำให้กำแพงเมืองจีนไม่ได้รับการเหลียวแล