เมื่อทศวรรษที่ 1990 สงครามเย็นสิ้นสุดลง ความสัมพันธ์ระหว่างประเทศในภูมิภาคเอเชีย-แปซิฟิกผ่อนคลายลง การพัฒนาเศรษฐกิจกลายเป็นกระแสหลักของโลก ภายใต้สถานการณ์เช่นนี้ ความสัมพันธ์ระหว่างจีนกับประเทศในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เข้าสู่ช่วงที่พัฒนาอย่างรวดเร็วมาก เมื่อปี 1990 จีนสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตกับสิงคโปร์ รื้อฟื้นความสัมพันธ์ทางการทูตกับอินโดนีเซีย ต่อมาเมื่อปี 1992 จีนกลายเป็นหุ้นส่วนคู่เจรจาของอาเซียน

ช่วงเวลานี้ ความสัมพันธ์ระหว่างจีน-อาเซียนที่พัฒนาอย่างรวดเร็วได้บดบังความปั่นป่วนของสถานการณ์ในทะเลจีนใต้ อย่างไรก็ตาม กรณีพิพาทหมู่เกาะหนานซาระหว่างจีนกับบางประเทศอาเซียนยังคงโผล่ให้เห็นในบางช่วงเวลา เช่น เมื่อปลายเดือนมีนาคมปี 1995 ฟิลิปปินส์ใช้ปฏิบัติการท้าทายจีนหลายครั้งที่บริเวณแนวปะการังเหม่ยจี้ เกาะหวงเอี๋ยน และแนวปะการังเหรินไอ้ โดยส่งกองทัพเรือระเบิดเครื่องหมายรังวัดบนแนวปะการัง 5 แห่งในหมู่เกาะหนานซา ได้แก่ แนวปะการังอู่ฟาง เซียนเอ๋อ ซิ่นอี้ ปั้นเย่ว์ และเหรินไอ้ มิหนำซ้ำ ยังส่งเรือลาดตระเวนของกองทัพเรือ พร้อมเครื่องบินของกองทัพอากาศบุกโจมตีเรือประมงจีน 4 ลำ ที่จอดเทียบแนวปะการังปั้นเย่ว์ จับกุมชาวประมงจีนที่อยู่บนเรือดังกล่าวรวม 65 คน เมื่อวันที่ 13 พฤษภาคมปีเดียวกัน เรือของกองทัพฟิลิปปินส์บุกเข้าบริเวณน่านน้ำแนวปะการังเหม่ยจี้ เผชิญหน้ากับเรือตรวจการประมงทางทะเลของจีนนานถึง 8 ชั่วโมง

ปลายเดือนเมษายนปี 1997 ทหารเรือฟิลิปปินส์จำนวนหนึ่งขึ้นเกาะหวงเอี๋ยน ระเบิดหลักเขตแดนที่เป็นเครื่องหมายอธิปไตยของจีน อีกทั้งปักธงชาติฟิลิปปินส์บนเกาะ หลังจากนั้นหลายปี เกิดเหตุทหารฟิลิปปินส์ขับไล่ จับกุม จนกระทั่งยิงชาวประมงจีนหลายครั้งในบริเวณน่านน้ำเกาะหวงเอี๋ยน

วันที่ 9 พฤษภาคมปี 1999 เรือยกพลขึ้นบกลำหนึ่งของฟิลิปปินส์แล่นเข้าบริเวณน่านน้ำแนวปะการังเหรินไอ้ แล้วลอยลำไว้ในบริเวณนั้น โดยอ้างว่า เรือลำนั้นเกยตื้น จากนั้น สับเปลี่ยนส่งทหารมาประจำการบนเรือลำนี้จนกระทั่งทุกวันนี้ จีนประท้วงอย่างแข็งกร้าวหลายครั้งกับทางการฟิลิปปินส์ แต่ไม่ได้ผล วันที่ 3 เดือนพฤศจิกายนปีเดียวกัน กองทัพเรือฟิลิปปินส์ใช้กลยุทธ์ดังกล่าวอีกครั้ง โดยส่งเรือรบที่ปลดประจำการอีกลำหนึ่งเข้าไปยังบริเวณน่านน้ำเกาะหวงเอี๋ยน แล้วลอยลำไว้ไม่กลับ โดยใช้ข้ออ้างเดียวกับคราวที่แล้ว คือ เรือเกยตื้น แต่ครั้งนี้ จีนไม่เชื่อคำโกหกของฟิลิปปินส์อีก กดดันฟิลิปปินส์ด้วยวิถีทางการทูต ทำให้นายโจเซฟ เอสตราดา (Joseph Ejercito Estrada) ประธานาธิบดีฟิลิปปินส์ในเวลานั้นต้องสั่งการให้ลากเรือที่อ้างว่าเกยตื้นลำนั้นกลับฟิลิปปินส์ เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายนปีเดียวกัน กองทัพเรือฟิลิปปินส์ลากเรือลำนี้กลับฟิลิปปินส์

ช่วงเวลาดังกล่าว รัฐบาลจีนพยายามพูดคุยเจรจากับคู่กรณีพิพาทหมู่เกาะหนานซา เช่น ฟิลิปปินส์ เวียดนามและมาเลเซีย เพื่อลดความตึงเครียด และรักษาเสถียรภาพของภูมิภาคนี้ รวมทั้งความสัมพันธ์อันดีระหว่างจีน-อาเซียน เมื่อเดือนมีนาคมปี 1999 มีการประชุมครั้งแรกของคณะทำงานเกี่ยวกับการกำหนดมาตรการเพื่อสร้างความไว้วางใจในทะเลจีนใต้ระหว่างจีน-ฟิลิปปินส์ที่กรุงมะนิลา หลังจากนั้น สองฝ่ายจัดการปรึกษาหารืออีกหลายครั้ง และเห็นพ้องต้องกันว่า จะรักษาความยับยั้งชั่งใจ ไม่ใช้ปฏิบัติการที่อาจทำให้สถานการณ์บานปลาย

ด้านอาเซียนติดตามสถานการณ์ทะเลจีนใต้อย่างใกล้ชิด ได้หารือกับจีนหลายครั้ง โดยมีการแลกเปลี่ยนความคิดเห็นกับจีนในระดับลึกเกี่ยวกับการแก้ไขข้อพิพาทดินแดน และการปักปันเขตแดนในน่านน้ำทะเล ทั้งสองฝ่ายมีความเห็นเป็นเอกฉันท์ว่า ข้อพิพาททะเลจีนใต้มีความสลับซับซ้อนมาก การแก้ไขปัญหานี้ มีความยากลำบากมาก อย่างไรก็ตาม ต้องยืนหยัดแก้ไขปัญหาด้วยสันติวิธีโดยผ่านการเจรจา แนวทางในการแก้ไขปัญหาที่จีนเสนอ คือ สงวนข้อพิพาท นั้นเป็นทางเลือกที่ดีที่สุด ทุกฝ่ายยอมรับว่า ก่อนการแก้ไขข้อพิพาทในอธิปไตยของเกาะแก่งบางส่วน การปักปันเขตแดนในน่านน้ำทะเลคงยากที่จะดำเนินการได้ การพักปัญหาไว้ก่อนนั้นอาจเป็นทางเลือกที่ดีกว่า ขณะเดียวกัน ต้องสนับสนุนการบุกเบิกพัฒนาร่วมกัน ปัจจุบัน ข้อสรุปดังกล่าวได้กลายเป็นพื้นฐานในการพูดคุยเจรจาระหว่างจีน-อาเซียน เพื่อแสวงหาจุดร่วมในการแก้ไขปัญหาหมู่เกาะหนานซา