ผลร้ายแรงที่สุดจากการนอนดึก ก็คือทำให้ระบบร่างกายไม่เป็นปกติ สรุปแล้วมีผลร้ายจาก 7 ด้าน หนึ่งคือ เกิดอาการหูอื้อและหูหนวก เพราะการนอนไม่เพียงพอง่ายที่จะทำให้หูชั้นในมีเลือดไปเลี้ยงไม่พอ ทำลายสมรรถนะในการฟัง นอกจากนี้ การนอนดึกเป็นเวลานานอาจจะทำให้หูหนวกด้วย

ผลร้ายอย่างที่ 2 เป็นผลร้ายที่เห็นได้ชัดที่สุด อ้วน คนที่นอนดึกมักจะกินอาหารว่างยามดึกเพราะรู้สึกหิว แต่กินอาหารในยามดึกยากที่จะย่อยได้เป็นปกติ เมื่อถึงวันรุ่งขึ้นจะรู้สึกไม่อยากกินอาหารเช้า ทำให้โภชนาการไม่สมดุลกัน ก่อให้เกิดโรคอ้วน

ผลร้ายอย่างที่ 3 คือ ทำลายผิว เวลา 22.00-23.00 น. จะเป็นช่วงเวลาซ่อมแซมของระบบผิวหนัง ถ้านอนดึกเป็นเวลานาน ระบบน้ำไหลเวียนภายในและระบบประสาทจะผิดปกติ ทำให้ผิวหนังแห้ง ไม่มีความยืดหยุ่น สีหน้าหมองคล้ำ มีสิวและกระผุดขึ้นบนผิวหนัง ผลร้ายอย่างที่ 4 ความทรงจำเสื่อม ประสาทซิมพาเทติกของผู้นอนดึกจะมีสภาวะตื่นตัวในกลางคืน เมื่อถึงกลางวันจะมีอาการมึนหัว ความจำเสื่อม ตั้งสมาธิไม่ได้ มีปฏิกิริยาตอบสนองเชื้องช้า นานวันเข้า จะเกิดปัญหานอนไม่หลับและเป็นโรคประสาทอ่อนฯ

ผลร้ายอย่างที่ 5 ทำลายกระเพาะกับลำไส้ เซลล์เยื่อบุกระเพาะจะผลัดเซลล์ใหม่เฉลี่ยทุก 2-3 วัน และมักจะเปลี่ยนใหม่ในกลางคืน ถ้านอนดึก กระเพาะและลำไส้ไม่สามารถพักผ่อน จะส่งผลกระทบต่อกระบวนการผลัดเซลล์ใหม่ นานวันแล้ว จะเป็นเหตุทำให้เกิดเยื่อกระเพาะเป็นแผล